Negli ultimi anni, il microbiota umano ha acquisito crescente rilevanza sia nel campo della ricerca che in quello clinico. Studi in aumento sembrano suggerire la centralità del microbiota e la sua composizione sia nello sviluppo che nel mantenimento di ciò che chiamiamo “salute” e nel generare e / o favorire (i casi in cui l’architettura relazionale complessa del microbiota è disregolata) l’insorgenza di patologie condizioni. Le complesse relazioni tra il microbiota e gli esseri umani, che investono nozioni fondamentali di biomedicina come “salute” e “individuo”, riguardano non solo problemi di natura empirica, ma sembrano richiedere la necessità di adottare nuovi concetti e nuove prospettive per per essere adeguatamente analizzati e utilizzati, in particolare per la loro attuazione terapeutica. In questo contributo riportiamo e discutiamo alcune delle proposte e innovazioni teoriche (dalla componente ecologica alla nozione di organismo poligenomico) volte a produrre questo cambiamento di prospettiva. In conclusione, analizziamo sommariamente quale impatto e quali nuove sfide potrebbero avere questi nuovi approcci sulla medicina personalizzata / centrata sulla persona / precisione.